Watch Quantao Sun/labodock_binder

Watch Quantao Sun/FEgrow

Watch Quantao Sun/prot_lig_openmm

基于OpenMM的小分子蛋白复合物分子动力学模拟

Watch hhtcadd/online_docking_and_top3_poses_evaluation

Smina docking of a small molecule to a protein, then the top 3 poses evaluated by molecular dynamics to select out the best one.

Watch hhtcadd/Zinc-Million-Virtual-Screening

Millions of small molecules will be downloaded from the ZINC database in 3D SDF file format, serving for docking based virtual screening purposes. Most of these molecules could be purchased.

Watch hhtcadd/辉瑞新冠病毒新药COVID19_restrained_Gromacs_ABFE forked from Quantao Sun/COVID19_restrained_Gromacs_ABFE

7SI9 是新上市药物辉瑞新冠病毒特效药的常温下的晶体结构。这个项目尝试使用Gromacs对该结构进行绝对结合自由能（ABFE）计算，以希望得到一个结合自由能的数值与实验值进行比对。

Watch Quantao Sun/COVID19_restrained_Gromacs_ABFE

7SI9 是新上市药物辉瑞新冠病毒特效药的常温下的晶体结构。这个项目尝试使用Gromacs对该结构进行绝对结合自由能（ABFE）计算，以希望得到一个结合自由能的数值与实验值进行比对。

Watch Quantao Sun/Waterswap_example

Utilize the Make it rain/protein_ligand to generate SYS_gaff2.crd and SYS_gaff2.prctop file, then use as input for the waterswap notebook to do a 100 iteration for an estamate binding free energy.

Watch Quantao Sun/SMILES-chemical-format-to-3D

您可能经常发现自己处于获得大量 2D 结构甚至只是一些Smiles字符串的情况。我们如何将这些重要的结构信息转换为 3D 结构，以便更多地关注像 QSAR 构建这样的实际任务？

Watch Quantao Sun/meta HADDOCK

基于元动力学的 ensemble docking 1. 普通动力学 2. 元动力学 3. 普通动力学ensemble docking 4. 元动力学 ensemble docking 5. 比较 6. 最终结果是使用空载apo靶点实现了holo负载靶点的一个类似诱导契合对接的过程。