molecular modelling, knowledge share
Smina docking of a small molecule to a protein, then the top 3 poses evaluated by molecular dynamics to select out the best one.
Millions of small molecules will be downloaded from the ZINC database in 3D SDF file format, serving for docking based virtual screening purposes. Most of these molecules could be purchased.
7SI9 是新上市药物辉瑞新冠病毒特效药的常温下的晶体结构。这个项目尝试使用Gromacs对该结构进行绝对结合自由能（ABFE）计算，以希望得到一个结合自由能的数值与实验值进行比对。
基于元动力学的 ensemble docking 1. 普通动力学 2. 元动力学 3. 普通动力学ensemble docking 4. 元动力学 ensemble docking 5. 比较 6. 最终结果是使用空载apo靶点实现了holo负载靶点的一个类似诱导契合对接的过程。
Starting from a PDB bank structure or a local PDB structure, setting up and run a molecular dynamics simulation with user-friendly in mind, with Ambertools and OpenMM, by mostly clicking the mouse
以药物设计，和分子模拟为导向的知识分享空间，大部分资源均为开源，在实际使用中，请注意引用原开发者，如NAMD的开发者为伊利诺伊大学等。部分教程需要web server,使用时请注意对自己的分子结构保密。讨论的内容包括但不限于分子动力学，虚拟筛选，分子对接，构效关系构建，自由能计算，分子作图等。软件涉及包括但不限于Pymol, VMD, Maestro, NAMD, Gromacs,Chimera 等。网站，数据库涉及包括但不限于Github，Gitee, ligpargen, Feprepare, cgenff, Chembl, ZINC 等。
PDB Tools, 修改蛋白结构，重命名原子编码等 PDB_tools
OpenMM——速度最快的分子动力学模拟 OpenMM News
在线免费的Gromacs软件编译安装，AI Studio版本
QSAR RDKIT教程，其基本思路与上面的QSAR-COV-19类似
应用最广的对接软件Autodock Vina，可使用pip 一键安装
例如，可以安装在百度AI Studio上
分子动力学方法一：NAMD-MD
分子动力学方法二：Amber-OpenMM-MD
方法一、二使用的软件不同，准备方法也不同。
方法一，二的结果，均可由Bio3D 作图RMSD，RMSF等。
AI Studio 百度飞桨notebook使用说明
10 个最常用BASH TOP10 BASH
Python 基础知识 Python基础知识， 复刻到自己账号，点击启动环境，即可练习。
如能正确运行，将会看到类似下面的输出，则自由能计算已经开始，需要较长时间或者非常长时间完成
aistudio@jupyter-696007-2331900:~/work/charmm-gui-3055526441/namd/1/ligand$ mpirun --oversubscribe -n 32 namd2 +replicas 32 fep_solv.conf --source FEP_remd_softcore.namd +stdout output_solv/%d/job0.%d.log
--------------------------------------------------------------------------
[[20295,1],1]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module
was unable to find any relevant network interfaces:
Another transport will be used instead, although this may result in
lower performance.
--------------------------------------------------------------------------
Charm++> Running on MPI version: 3.0
Charm++> level of thread support used: MPI_THREAD_SINGLE (desired: MPI_THREAD_SINGLE)
Charm++> Running in non-SMP mode: 32 processes (PEs)
Charm++> TORUS MINIMAL MESH SIZE IS 32 BY 1 BY 1
Redirecting stdout to files output_solv/0/job0.0.log through 31
[jupyter-696007-2331900:00857] 31 more processes have sent help message help-mpi-btl-base.txt / btl:no-nics
[jupyter-696007-2331900:00857] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
EXCHANGE_ACCEPT 10 11 RUN 0
EXCHANGE_ACCEPT 18 19 RUN 0
