Millions of small molecules will be downloaded from the ZINC database in 3D SDF file format, serving for docking based virtual screening purposes. Most of these molecules could be purchased.
7SI9 是新上市药物辉瑞新冠病毒特效药的常温下的晶体结构。这个项目尝试使用Gromacs对该结构进行绝对结合自由能(ABFE)计算,以希望得到一个结合自由能的数值与实验值进行比对。
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