# 开源工具集

**Repository Path**: viscaria-virus/tools

## Basic Information

- **Project Name**: 开源工具集
- **Description**: 自造轮子库，主要用Python和bash开发。
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: GPL-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: https://gitee.com/viscaria-virus/
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 6
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-07-26
- **Last Updated**: 2024-11-06

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: Python, Bash

## README

# 开源工具集

## 介绍

我 *~~造的轮子~~* **写的工具**。

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## 使用说明

1. ***PythonModules***目录包含**3**个Python包。
   1. `bioseq`: 用于处理生物学序列数据的模块集。
   2. `datatools`: 用于数据处理的工具库。
   3. `SCIscan`: 用于学术领域扫描的爬虫框架，能够批量检索/下载文献和定制定时任务。
2. ***BioTools***目录包含**4**套shell脚本工具和**2**个Python脚本工具。
   1. `blasty`: 基于**ncbi-blast**的交互式命令行工具,实现丰富的生物学序列分析功能。
   2. `maffty`: 基于**mafft**的多序列对齐工具，支持多种格式输出。
   3. `phasty`: 基于**phast**工具集的交互式命令行工具，便捷实现序列保守性打分功能。
   4. `phylotree`: 基于**megacc**、**fasttree**和**iqtree2**的分子进化树构建工具。
   5. `fetch_pdb_img.py`: 从**PDB**数据库批量下载图片的爬虫脚本工具。
   6. `sq2fa.py`: 将原始测序文本文档内容转换为fasta格式。
3. `doctrans`: 基于**百度翻译开放平台**的命令行文档翻译工具。
4. `BashTools`: 基于**bash**的命令行shell脚本工具集，用于简化**Linux**系统日常操作。
   1. `server_call`: 基于ssh的shell脚本工具，用于访问服务器，具备地址簿功能。
   2. `pyupdate` & `pycheck`

      > 1. `pyupdate`: 基于**pip**的Python包管理工具，升级Python包并自动处理依赖关系。
      > 2. `pycheck`: 基于**pip**和**grep**，查询当前环境是否安装指定Python包。

   3. 其它: 创建指定后缀文件、运行指定语言源码、添加命令、添加环境变量等。
5. `piano`: 基于pygame库编写的模拟钢琴小游戏。

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## 补充说明

1. ***BioTools***不再更新，欢迎生物学领域相关研究者们使用和接手后续开发。
2. `doctrans`后续计划开发**GUI**界面，并扩展为多格式文档数据处理工具。
3. `SCIscan`和`datatools`不再更新。
4. 计划开发一个用于快速搭建生物信息学网站的**WEB开发**框架。

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## 作者寄语

自从事**生物信息学** *~~实际应为计算生物学~~* 研究以来，本人疲于**生计**~~生物+计算机=生计~~；
然而，无论是钻研/学习生物学，还是钻研/实践编程技术，都令人心驰神往、身心舒畅。

> 古人云：朝闻道，夕死足矣<br/>
> 吾生也有涯，而学海无涯<br/>
> 今识书山作伴，方知寿尽何惧