# CQUPT-BiologicalGeneDataAnalysis

**Repository Path**: tanzicai/CQUPT-BiologicalGeneDataAnalysis

## Basic Information

- **Project Name**: CQUPT-BiologicalGeneDataAnalysis
- **Description**: 重庆邮电大学生物信息学院癌症基因差异分析存档

- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 3
- **Forks**: 4
- **Created**: 2021-09-06
- **Last Updated**: 2021-10-20

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# CQUPT-BiologicalGeneDataAnalysis

# 介绍
本项目为重庆邮电大学生物信息学院癌症基因差异分析及泛癌致癌基因分析,本次实验将对TCGA数据库上的大部分癌症进行基因差异分析，寻找出癌症共同有用的基因。致力于寻找出基因致癌初步有力支持。

##描述
本R包主要目的对TCGA上面的miRNA基因进行差异基因分析。主要使用手段有：

1. 使用`edgeR`包推荐方法进行分析
2. 使用`edgeR`包推荐`classic analysis method`进行分析
3. 使用`DESeq2`包推荐方法进行基因差异分析
4. 使用`limma`包推荐方法进行基因差异分析
5. 使用`ggplot`绘制火山图
6. 使用`ggplot`绘制热图
7. 使用`ggplot`绘制`PCA`图（主成分分析图）
8. 使用`edgeR`绘制`BCV`图（生物学差异图)

## 使用方法
主要函数说明

### main函数
主要使用`edgeR`包进行经典基因差异分析。

参数说明
> main(path)
`path`为解压后的数据的总文件
path = "C:\\Users\\tanzicai\\Downloads\\gdc_download_20210915_122538.396858"
注意需要把'metadata.cart.2021-09-15.json'文件放入总文件夹的同级文件夹`
C:\\Users\\tanzicai\\Downloads
注意保留解压后的'MANIFEST.txt'

> main(path,pValue) 
默认筛选参数 PValue = 0.05
main(path)
可选参数 PValue
main(path,p = 0.5)

### main2()函数
主要使用edgeR、DESeq2、limma进行包进行经典基因差异分析。

参数说明
本函数无需传参,须在运行过程中按照提示输入对应的目的分析癌症项目名.同时将在本地生成需要的各种文件


##安装方法
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("tanzicai/miRNA_TCGA_Analysis/miRNADiff")
library(miRNADiff)

# 软件架构
1. Rstudio 4.1
2. R语言 4.1.1


#### 安装教程

miRNADIff使用说明（待完成）

#### 使用说明

miRNADIff使用说明（待完成）

#### 参与贡献

1.  Fork 本仓库
2.  新建 Feat_xxx 分支
3.  提交代码
4.  新建 Pull Request