# SuperMDA

**Repository Path**: supernova_bingbing/SuperMDA

## Basic Information

- **Project Name**: SuperMDA
- **Description**: SuperMDA -- Supernova's Molecular Dynamics Analyzer with Julia
- **Primary Language**: Julia
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 1
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-04-07
- **Last Updated**: 2025-12-26

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# SuperMDA

#### 介绍
SuperMDA -- Supernova's Molecular Dynamics Analyzer
SuperMDA 是本人 ([Supernova](https://www.zhihu.com/people/zhang-jia-xing-42-34)) 开发的用于分子动力学模拟结果分析的程序。SuperMDA 免费开源，支持知名分子动力学软件 [Gromacs](https://www.gromacs.org) 的输出文件的后处理，以及分子对接程序 ([Autodock vina](https://vina.scripps.edu/)) 的输入文件预处理、模拟流程的简化。

#### 软件架构
SuperMDA 是使用 Julia 语言开发的桌面命令行程序。

#### 安装教程
程序无需安装，解压即可运行。需注意：

1.  添加一环境变量 $SuperMDAPath，值为程序解压后存放的目录。
2.  将环境变量 $SuperMDAPath/bin 目录添加至 PATH。
3.  settings.ini 为程序配置文件，建议将 nkernels 参数改为计算机的物理核心数。

#### 使用说明

1.  正确配置环境变量后，在任意位置打开命令行，输入`SuperMDA`即可启动程序，输入要载入的文件的路径，例如 `E:/data/xxx.xvg` 载入 Gromacs 常用的 xvg 文件。
2.  也可直接输入 `SuperMDA xxx.xvg` 快速加载文件。
3.  根据屏幕提示进行后续操作。
4.  在主界面输入 "r" 回车，可更换分析文件; 输入 "q" 回车可退出程序。

#### 反馈
到 [我的主页](https://www.zhihu.com/people/zhang-jia-xing-42-34) 反馈，未来会写一些文章专门介绍 SuperMDA。