# Bioinformatics

**Repository Path**: sheenashea/bioinformatics

## Basic Information

- **Project Name**: Bioinformatics
- **Description**: 2024-2025 生物信息大作业，结合iLearnPlus和xgboost实现蛋白质相互作用预测模型
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2025-01-02
- **Last Updated**: 2025-01-14

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

## 2024 - 2025 年生物信息大作业

### 项目结构
```
.
├── Readme.md
├── Latexreport
├── data                   # 原始数据
├── eval.py                # 评测
├── train               # 训练用特征
├── sequences              # fasta 序列
├── shap_analysis.py       # shap    
├── test                   # 测试用特征
├── test.py                # 测试
├── train.py               # 训练
├── result                 # 结果绘图文件夹 
├── raw_seq2feature        # seq2feature 数据处理相关文件      
└── utils                  # 各种数据预处理工具文件
```

### 运行项目
建议使用python 3.8 环境
``` bash
# 训练模型
python train.py
# 测试模型
python test.py
# 进行评估
python eval.py
# shap 
python shap_analysis.py
```