# cif2cell_abacus

**Repository Path**: scchpc/cif2cell_abacus

## Basic Information

- **Project Name**: cif2cell_abacus
- **Description**: 支持从CIF文件读取原子结构数据，并结合其他输入参数（如赝势、轨道文件目录等），导出可直接运行DFT计算的ABACUS输入文件（包括INPUT KPT STRU）。
- **Primary Language**: Python
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2021-02-01
- **Last Updated**: 2026-03-18

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

## 支持ABACUS的CIF2Cell修改版

### 目的

支持从CIF文件读取原子结构数据，并结合其他输入参数（如赝势、轨道文件目录等），导出可直接运行DFT计算的ABACUS输入文件（包括INPUT KPT STRU）。

### 使用方法

见example_test文件夹，包含从bash或python程序内部两种调用方式。

例如
* cat example_test/cmd.sh
```bash
#!/bin/bash
rm INPUT KPT POSCAR STRU 2>/dev/null
../cif2cell.py -f ../cifs/BaTiO3_orthorhombic.cif --program "vasp"
../cif2cell.py -f ../cifs/BaTiO3_orthorhombic.cif --program "abacus-lcao"  --orbfilepath="../OrbitalPath" --pseudostringsuffix="_ONCV_PBE-1.0.upf" --pspdir="../PotentialPath" --kresolution=0.2
```

* cat example_test/cmd.py
```python
#!/usr/bin/env python2
# -*- coding: utf-8 -*-
import os
import sys
sys.path.append("../")
import cif2cell as c2c 
c2c.options.program = 'abacus-lcao' 
c2c.options.file = "../cifs/BaTiO3_orthorhombic.cif"
c2c.options.pseudostringsuffix = "_ONCV_PBE-1.0.upf"
c2c.options.pspdir = "../PotentialPath"
c2c.options.orbfilepath = "../OrbitalPath"
c2c.options.kresolution  = 0.2
c2c.options.energycutoff = "100"
c2c.cif2cellmain() 

```
* 注意：支持输入K点分辨率参数 ，表达生成KPT文件时倒空间中的K点取样间距。因为最终需要使用取整表示K Grid，各方向仅近似均匀，并不完全均匀。不设置时，默认等于 --kresolution=0.2（bash方式）或者c2c.options.kresolution =  0.2 （python方式）.
* 注意：如果结构元素含有["O","Cr","Mn","Fe","Co","Ni","Cu"]其中任何一个，那么将在INPUT文件中设置nspin=2，且STRU中的各原子的magnetism参数初始值设为0.5。

其他默认参数请参考代码。