吉林大学地球探测科学与技术学院的前身是1952年成立的东北地质学院地球物理探矿系，1980年改为应用地球物理系。1996年长春地质学院更名为长春科技大学，1997年应用地球物理系与地球化学系合并组建了地球探测与信息技术学院。同时，遥感地质教研室调整并入学院，1999年底测绘工程系调整并入学院。2000年6月，长春科技大学并入新吉林大学，保留地球探测与信息技术学院建制，2001年底学院更名为吉林大学地球探测科学与技术学院。2008年起，学院代管吉林大学综合信息矿产预测研究所。