# of3_modified

**Repository Path**: lqhhhhhh/of3_modified

## Basic Information

- **Project Name**: of3_modified
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-01-30
- **Last Updated**: 2026-03-04

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# of3_modified

这是 OrthoFinder v3 (OF3) 的修改版，目标是提升大规模数据下的运行效率与可用性。

## 主要修改

1. 增加 Python 侧并行机制（任务调度/外部命令并行）。
2. 增加 VeryFastTree 作为构树工具（`-T veryfasttree` / `-T veryfasttree_fastest`）。
3. 仅在 `--assign` 场景下支持复用已有 BLAST 结果（`--assign ... --core ... -b <WorkingDirectory>`）。
4. 增加对超大 OG 的比对与构树支持（`--og-threshold/--og-cores/--og-parallel`）。

## 安装

```bash
mamba create -n of3_modified veryfasttree orthofinder -c bioconda -c conda-forge
mamba activate of3_modified

git clone https://gitee.com/lqhhhhhh/of3_modified.git
cd of3_modified
pip install .

# 如果 pip 网络不佳
# pip install . -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

# 安装后如果需要覆盖/更新环境内的 orthofinder包（按你的实际路径修改）：
cd src
cp -r orthofinder /mambaforge-path/envs/of3_modified/lib/python3.12/site-packages/
```


## 使用

基础用法与 OF3 一致：

```bash
orthofinder -f <dir>
```

VeryFastTree：

```bash
orthofinder -f <dir> -M msa -T veryfasttree
```

`--assign` 复用 BLAST（仅 `--assign` 支持；`-b` 直接指向 `WorkingDirectory/`）：

```bash
orthofinder --assign <additional> --core <core_results> -b <old_working_dir>
```

`--assign` 示例（VeryFastTree + 大 OG 并行 + 复用 BLAST + 跳过 OG0000000）

**如果不想复用BLAST结果取消-b参数即可**：

```bash
orthofinder --core core_of3/Results_Jan07 --assign assign_species -M msa -T veryfasttree --og-threshold 50000 --og-cores 10 -a 100 --og-parallel 10 -t 100 --skip-bigog
```

### `--resume-from`

续跑中断的 MSA/树推断。请指定之前中断任务的 `WorkingDirectory`（或其上级结果目录）；程序会自动检测 `Alignments_ids/` 和 `Trees_ids/` 中已完成的文件，跳过已完成 OG，只重跑未完成部分。结果继续写回该原目录。

```bash
orthofinder --core core_of3/Results_Jan07 --assign assign_species -M msa -T veryfasttree --og-threshold 50000 --og-cores 10 -a 100 --og-parallel 10 -t 100 --skip-bigog --resume-from path/to/Results_xxx/WorkingDirectory
```