# swiss_target_batch

**Repository Path**: akikali/swiss_target_batch

## Basic Information

- **Project Name**: swiss_target_batch
- **Description**: Automated batch client for SwissTargetPrediction — Submit SMILES strings programmatically, retrieve protein target predictions (including UniProt/ChEMBL IDs, probability scores, and known actives), and export results to CSV. Unofficial, lightweight, and research-friendly.
- **Primary Language**: Python
- **License**: ISC
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-04-01
- **Last Updated**: 2026-04-04

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# SwissTargetPrediction 批量查询工具

[English](README.md) | [中文](README_zh.md)

该 Python 脚本可自动化向 [SwissTargetPrediction](https://www.swisstargetprediction.ch/) 提交 SMILES 字符串，批量获取靶点预测结果，并保存为 CSV 文件。

> **注意**：本工具为**非官方实现**，与 [瑞士生物信息学研究所（SIB）](https://www.sib.swiss/) 无任何关联。请合理使用，遵守其服务器使用政策。

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## ✨ 功能特点

- 支持批量提交 SMILES 字符串
- 自动轮询任务状态（默认最多等待 30 秒）
- 自动解析结果表格，包含以下信息：
  - 靶点名称（Target）
  - 通用名（Common name）
  - UniProt 与 ChEMBL ID
  - 靶点类别（Target Class）
  - 预测概率（Probability*）
  - 已知活性分子（3D/2D 相似性）
- 将所有结果结构化保存为 CSV 文件

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## 🛠️ 依赖环境

- Python 3.12 或更高版本
- 所需 Python 包：
  ```bash
  pip install requests pandas lxml html5lib
  ```

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## 🚀 使用方法

1. **克隆或下载本仓库**
2. **安装依赖**
   ```bash
   pip install -r requirements.txt
   ```
3. **运行脚本**
   ```python
   python swiss_target_batch.py
   ```
   脚本中已包含示例 SMILES 列表（如阿司匹林、咖啡因等）。你可以替换成自己的分子列表：

   ```python
   smiles_list = [
       "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",  # 阿司匹林
       "CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C",  # 咖啡因
       # 在此处添加你的 SMILES...
   ]
   ```

4. **结果**默认保存为 `swiss_results.csv`（可通过 `output_csv` 参数修改）。

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## ⚠️ 重要注意事项

- **请求频率限制**：SwissTargetPrediction 服务器可能对高频请求进行限流或封禁。脚本中已加入 2 秒提交间隔——**请勿移除**。
- **物种支持**：默认为 `"Homo_sapiens"`（人）。支持的物种包括：
  - `"Homo_sapiens"`（人）
  - `"Mus_musculus"`（小鼠）
  - `"Rattus_norvegicus"`（大鼠）

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## 📄 输出示例（`swiss_results.csv`）

| Target            | Common name | Uniprot ID | ChEMBL ID   | Target Class | Probability* | Known actives (3D/2D) | input_smiles               |
|-------------------|-------------|------------|-------------|--------------|--------------|------------------------|----------------------------|
| Cyclooxygenase-1    | PTGS1           | P23219     | CHEMBL221  | Oxidoreductase             | 0.756002348928         | 3 / 2   | CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O   |

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## 📜 许可证

本代码采用 **ISC 许可证**发布。  
预测结果及数据版权归属 SwissTargetPrediction / SIB 所有。

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## 💡 致谢

- [SwissTargetPrediction](https://www.swisstargetprediction.ch/) — 免费的小分子靶点预测网络服务
- [瑞士生物信息学研究所（SIB）](https://www.sib.swiss/)

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> 🙏 **若在科研中使用本工具，请引用 SwissTargetPrediction 原始论文！**  
> Daina, A., Michielin, O., & Zoete, V. (2019). *SwissTargetPrediction: updated data and new features for efficient prediction of protein targets of small molecules.* Nucleic Acids Research, 47(W1), W357–W364. https://doi.org/10.1093/nar/gkz382